Вы могли бы использовать Adobe AIR для упаковки SWF-файла, а затем использовать новый API NativeProcess для взаимодействия с любым процессом в системе. Для этого вы должны скомпилировать в нативное приложение, и поэтому я не уверен, что AIR компилирует что-то нативное в Linux (компилируется в dmg на Mac и exe в Windows).
Если AIR еще не подготовлен к этому, перейдите к Haxe + ScreenweaverHX . Это обертки с открытым исходным кодом вокруг FlashPlayer.
Звоните мне, если вам понадобится дополнительная помощь.