В GTK я не могу понять, какой обратный вызов настроить, чтобы, когда пользователь щелкает в окне, я мог получить X / Y-координаты щелчка.
Вы ищете button-press-event сигнал GtkWidget.
button-press-event
GtkWidget
Параметр события в обратном вызове обычно получает член x и y, которые являются координатами мыши. Если вам нужен пример, посмотрите учебник gtk, есть пример кода небольшой программы для рисования, где вы можете увидеть, как обрабатывать события мыши
http://www.gtk.org/tutorial1.2/gtk_tut-23.html