Как правило, нет - оно будет идентичным.
По умолчанию среда CLR 4 загружает среду CLR 2 для выполнения базы кода CLR 2. Принудительное выполнение в CLR 4 требует установки useLegacyV2RuntimeActivationPolicy
в вашем приложении.
Если вы добавите этот флаг, он будет работать в версии 4 CLR. В целом, производительность, скорее всего, будет очень похожей, но она может немного отличаться с новым временем выполнения из-за изменений в JIT и времени выполнения ядра. Нет никаких гарантий, что CLR 4 будет быстрее - иногда он может быть медленнее, хотя в целом я ожидал бы, что производительность будет очень близка в обеих средах выполнения.
Если у вас проблемы с производительностью, профилируйте приложение. Изменение времени выполнения не устранит проблему с производительностью. Однако профилирование вашего приложения во время работы под обоими будет единственным способом узнать, имеет ли это для вас значение.