Дерби любит держаться за данные - т.е. хранить их в памяти.Если вы попытаетесь выключить его, попробовав что-то вроде:
DriverManager.getConnection("jdbc:derby:;shutdown=true");
Это должно гарантировать, что данные будут сброшены на диск, а дерби завершит свою работу чисто.чтобы получить Hibernate 3.6, чтобы сделать это для меня - пока не повезло.