Я использую YUI (2 и 3) со всем моим кодом ASP.NET MVC, в YUI нет ничего не "MVC-Friendly".
Тем не менее, и при условии, что вы используете YUI2 (YUI3 имеет больше сходства с JQuery), необязательно сложно конвертировать YUI в JQuery, но они, как правило, используются по-разному. Я начинал с написания нового материала в JQuery, пока не познакомился с синтаксисом и способом его разработки, а затем начал бы преобразовывать YUI в JQuery.
Но, повторюсь, если единственная причина, по которой вы переходите с YUI на JQuery, заключается в том, что MS теперь поставляет его с ASP.NET MVC, вам, вероятно, следует переосмыслить это решение. Это просто не нужно.