Самый простой способ - использовать JRuby, поскольку HSQLDB - это база данных Java.
В противном случае попробуйте http://www.infoq.com/news/ruby-driver-hsqldb и http://rubyforge.org/projects/hypersonic/
Возможно, вы захотитевзгляд на SQLite вместо HSQLDB, поскольку они похожи, но SQLite не написан на Java.
С http://www.sqlite.org/whentouse.html
With the default page size of 1024 bytes, an SQLite database is limited in size to 2 terabytes (2^41 bytes). And even if it could handle larger databases, SQLite stores the entire database in a single disk file and many filesystems limit the maximum size of files to something less than this. So if you are contemplating databases of this magnitude, you would do well to consider using a client/server database engine that spreads its content across multiple disk files, and perhaps across multiple volumes.
Прочитайте остальную частьна эту страницу, чтобы посмотреть, подойдет ли она вашим потребностям.
Две другие страницы, которые могут оказаться полезными:
http://www.sqlite.org/faq.html
http://www.sqlite.org/mostdeployed.html