Общий подход к устранению подзапроса заключается в использовании объединения.
Просто чтобы доказать свою точку зрения - для устранения самого внутреннего запроса вам следует попробовать более или менее что-то вроде:
SELECT SUM(EPH.PayHeadValue) AS YTD
FROM emppayheadvalues EPH
JOIN emppayslipgenerationdetails
WHERE EPH.EmppayslipgenerationdetailID<=emppayslipgenerationdetails.EMPpayslipgenerationdetailid
AND EPH.PayHeadMasterID =emppayheadvalues.PayHeadMasterID
AND EmppayslipgenerationdetailID =emppayslipgenerationdetails.EmppayslipgenerationdetailID
AND EmpNumber ='E0012'
AND emppayslipgenerationdetails.FinancialYearID=2
GROUP BY PayheadMasterID
Но учтите, что в некоторых случаях это может быть дороже, чем подзапрос.