На самом деле, после прочтения вашего описания, возможно, вам захочется:
#!/bin/bash
bsprun -npes "$1" ./a.out "$2" "$3"
chmod +x
сценарий затем назовите его как
./myscript 1 file1.txt file2.txt
./myscript 2 file2.txt file3.txt
./myscript 3 file4.txt file5.txt
...
Если ваши входные файлы изменяются в соответствии с шаблоном, мы могли бы сделать скрипт немного умнее, но неясно, как выглядят ваши имена файлов.
Чтобы получить точный вывод, который вы разместили, поместите его в цикл вроде:
#!/bin/bash
for i in {1..8}; do
bsprun -npes $i ./a.out file1.txt file2.txt
done