Не уверен, что это то, что вы ищете, но я столкнулся с разницей только один раз. Я сгенерировал прокси wcf для очень старого веб-сервиса asmx и столкнулся с ошибками сериализации при определенных операциях. Когда я обновил код, используя "устаревшую" веб-ссылку, все работало нормально.