Вы можете использовать метод RegisterStartupScript :
ClientScript.RegisterStartupScript(GetType(), "someKey", "alert('oops');", true);
Но для такого рода вещей, вероятно, лучше использовать элементы управления валидацией (точно сказать не могу, поскольку вы не указали ни контекст, ни объяснили логику).