Из того, что я вижу, у вас есть JAR-файл без исходного кода, а классы внутри составляют API.Ничего нового.
Но я чищу голову, когда читаю эту часть:
"Теперь у меня есть скомпилированные файлы классов в банке, и я могу выполнить программу с моим кодом изкомандная строка с "java -cp prog.jar pkg.mainClass args", но я не могу выбрать основной класс в netbeans, чтобы иметь возможность быстро протестировать мой код. "
Из этого абзаца кажетсячто основной класс находится внутри этого файла JAR.Кроме того, вы хотите иметь возможность быстро протестировать свой код.Вы имеете в виду, что вы меняете этот источник, даже если у вас его нет?Или вы хотите сделать отладку?Или юнит-тест это?Эта часть кажется немного неясной.
Ваша ситуация кажется довольно запутанной, поэтому я не могу предложить ничего другого, кроме как просто создать новый основной класс в Netbeans, импортировать все из этого файла JAR и просто использовать его API.