Вы немного больше сравниваете яблоки с апельсинами. :)
Powershell - консольный инструмент для работы в среде Windows, целью которого является возможная замена cmd.exe.
MSBuild - это специализированный инструмент для сборки, предназначенный для создания программных проектов.
Вы можете использовать любой из них для вызова операции в другом (различными способами), но они действительно дополняют друг друга. Они не так уж похожи по своей основной цели.