Это не будет работать как в коде
#define ISR(x) #pragma isr=x
"#" в определении макроса является оператором Stringification. То есть, если перед аргументом стоит #, то он будет приведен в соответствие, иначе оператор # будет проигнорирован. Таким образом, в итоге, чтобы ответить на ваш вопрос, вы не можете сделать это.
Если ваш компилятор реализует C99, вы можете использовать _Pragma вместо этого
#define ISR(X) _Pragma(isr=x)
Подробнее о _Pragma здесь