С точки зрения NH, это не отношение «многие ко многим», именно потому, что клиент не отображается.
Отображение зависит от того, как вы хотите, чтобы оно было представлено в модели предметной области.
Idbag отлично подойдет для отображения Package.Clients
как ICollection<int>
.Вам не нужен компонент:
<idbag name="Clients" table="ClientPackage">
<collection-id column="id" type="...">
<generator class="..."/>
</collection-id>
<key column="packageId"/>
<element column="clientNumber"/>
</idbag>
И затем вы будете использовать эти идентификаторы, чтобы получить клиентов в другой базе данных.