При постановке в очередь новой сборки с использованием VS можно передать аргументы в MSBuild, что позволит вам пропустить некоторые этапы сборки или выполнить некоторые условия условно.
Можно ли передать такие аргументы сборке, которая запускается при регистрации или при ночной сборке?