Убедитесь, что для параметра "gtk-button-images" установлено значение true.
GtkSettings *default_settings = gtk_settings_get_default();
g_object_set(default_settings, "gtk-button-images", TRUE, NULL);
Примечание. Это должно следовать построению первого окна (и, конечно, предшествовать основному циклу).
Если я не ошибаюсь, это довольно недавнее изменение в Gnome - по какой-то причине они решили, что значки не отображаются на кнопках по умолчанию (это также относится к стандартной теме MS Windows).