Предполагая, что вы убедились, что это стоит (действительно ли БД намного больше с индексом, чем без?)
В вашем пакете настроек приложения установите флаг для «первого запуска». Когда приложение запускается, проверьте наличие этого поля (и установлено ли оно). Если эти условия соблюдены, запустите код индексации. По завершении снимите флажок и удалите флажок.
Теперь при последующих вызовах приложения, когда оно проверяет флаг, оно не будет найдено, и поэтому индексация не будет выполняться снова.