Кэширование Favicon в браузерах практически невозможно контролировать. Даже если вы очистите кэш, браузер, вероятно, не удалит значки избранного, пока в будущем не случится случайное время.
Новые пользователи вашего сайта увидят новый favicon. Старые пользователи в конечном итоге увидят новый значок.