Хорошо использовать один HTML-файл для начала работы, но в долгосрочной перспективе стоит привести структуру приложения в соответствие с «лучшими практиками», чтобы другие впоследствии могли взглянуть и понять ваш код.
Генераторы Sencha Touch (в версии 1.1) помещают логику запуска в файл с именем app.js, а затем имеют файлы для каждой модели, вида и контроллера (в соответствующих каталогах).
Хотя вы, возможно, и не строите полноценное приложение MVC с самого начала, вам, вероятно, все же следует использовать эти соглашения. Взгляните на приложения Twitter и Kiva в SDK (и на http://dev.sencha.com/deploy/touch/examples/) для хороших примеров.
Файл index.html может ссылаться на каждый файл отдельно, но, конечно же, для производства вам также рекомендуется взглянуть на инструмент JSBuilder, чтобы упаковать и свернуть их все, чтобы устройство могло извлечь их в одном HTTP-запросе.