У меня была такая же проблема с Windows Server 2003 IIS6, в котором впервые было запущено приложение MVC4 - в конце концов восстановление .NET 4 (я скачал файл dotNetFx40_Full_x86_x64.exe из Microsoft и выполнил его) сделало свое дело! *
Недавно у меня снова возникла такая же проблема на восстановленном сервере, и на этот раз я забыл проверить Расширения веб-служб (нижняя «папка» в IIS6) и обнаружил, что ASP.NET v4 был запрещен. Я изменил его на разрешенный, перезапустил Службу администрирования IIS из Служб, и он начал работать.