Когда я пытаюсь создать спектрограмму аудиофайла, должен ли я строить график зависимости времени от амплитуды или времени от частоты?
Все три. Одна ось - это время, одна ось - частота, а третья ось (или цвет, или яркость, или что-то еще) - это интенсивность этой частоты в это время, как определено преобразованием Фурье.