Как я могу написать модульный тест для CRUD с использованием в базе данных памяти с беглым nhibernate?
Вы бы не написали модульный тест (который по стандартному определению не включает внешние системы).
Вместо этого вы бы написали интеграционный тест, и я думаю, что это то, что вы ищете ..
http://wiki.fluentnhibernate.org/Persistence_specification_testing