В диспетчере IIS, когда вы заходите на сайт, а затем в разогрев приложения, с правой стороны появляется панель «Действия». Я думаю, вам нужны следующие две вещи:
Нажмите Добавить запрос и добавьте хотя бы один URL, например, /YourService.svc
Нажмите Настройки и установите флажок «Запускать пул приложений« Ваш пул »при запуске службы»
У вас есть оба? Если вы не проверили второй параметр, то я думаю, что прогрев не произойдет до тех пор, пока пользователь не зайдет на сайт (что, вероятно, не соответствует цели модуля прогрева в вашем случае).