Запустите ваше приложение, как обычно, но добавьте следующие аргументы:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8787,server=y,suspend=n
Теперь в eclipse создайте новую конфигурацию отладки «удаленного Java-приложения» с выбранным проектом.Выберите локальный порт 8787.
Теперь, когда вы запускаете эту конфигурацию, вы можете использовать отладчик eclipse, даже если вы работали из командной строки.