Я заметил, что некоторые запросы выполнялись довольно медленно. После запуска EXPLAIN я понял, что они не используют созданные мной индексы.
Я посмотрел дальше, используя SHOW INDEXES, и понял, что все они были отключены, кроме первичного ключа в таблице. Я уверен, что не отключал индексы вручную.
Я снова включил индексы с помощью таблицы ALTER TABLE ENABLE KEYS, и все вернулось к норме.
Как бы они вообще стали инвалидами? При каких обстоятельствах индексы автоматически отключаются?