Если под автозапуском вы имеете в виду сценарий (компиляция не требуется, как в perl, python, bash)?
Разница в том, что скомпилированная программа компилируется один раз, и она становится переносимой на другие машины, независимо от библиотек и исполняемых файлов, которые использовались для сборки программы. Например, если вы пишете программу на C, вы можете взять двоичный файл, созданный при компиляции, и переместить его на другие машины с аналогичной архитектурой. Библиотеки и исполняемые файлы, необходимые для компиляции этой программы, например glibc и gcc, не обязательно должны существовать на других машинах.
В случае скриптовых программ библиотеки и исполняемые файлы для этого языка должны существовать на компьютере, на который вы перенесли программу. Другими словами, если вы пишете скрипт bash, bash должен существовать на каждом компьютере, на который вы портируете, чтобы он мог интерпретировать файл. Это связано с тем, что интерпретатор bash вызывается после выполнения файла, а затем интерпретатор читает файл и выполняет любые действия, которые вызывает файл.
С помощью скриптовой программы вы полагаетесь на то, что другие пользователи будут иметь среду, очень близкую к вашей. Если вы пишете скрипт Python под версией 3.0 и хотите распространять его, у всех, кто его использует, должен быть установлен Python 3.0 в их системе (или, по крайней мере, версия python, которая предлагает совместимые функции). Скомпилированная программа, если у нее нет внешних не связанных с языком зависимостей и машина имеет схожую архитектуру, вы можете легче использовать программу.