Вы можете сделать это с помощью встроенных функций Java:
MessageDigest digest = java.security.MessageDigest.getInstance("MD5");
digest.update(...your data here...);
byte[] hash = digest.digest();
или попробовать другую реализацию здесь , безусловно, быстрее (в зависимости от названия:)
РЕДАКТИРОВАТЬ:
кажется, что они предоставляют файл md5sum, именно то, что вы хотите!
Вы хотите дополнительные удобные методы для хэширования файла ...
String hash = MD5.asHex(MD5.getHash(new File(filename)));