Windows перестает отвечать на запросы в gtk (и в системах управления окнами в целом), когда вы вызываете функцию в цикле событий, который является потоком, отвечающим за поддержание реагирования окна (этот поток перерисовывает окно, обрабатывает щелчки мыши и т. Д. ). Если функция, которую вы вызываете, немедленно возвращается, вы не заметите неотзывчивость, но если функция проделает большую работу, у вас возникнет ситуация, описанная в вашем вопросе.
Вы должны выполнить вторую функцию в отдельном потоке (рабочем потоке). Если вам нужно обновить окно после возврата этой функции, убедитесь, что вы делаете это обновление в цикле событий (например, вызывая glib.idle_add), а не из рабочего потока! В противном случае могут произойти странные сбои.