Именно поэтому нужно быть осторожным с таблицами вложенности. Я действительно надеюсь, что вы используете их для данных, а не для макета страницы.
Другая проблема, которая, вероятно, испортит ваш день, - это использование CSS-селекторов для вложенных таблиц ... у вас, в основном, та же проблема - вы не можете выбрать элементы TR внешней таблицы, не выбирая и те, которые находятся внутри внутренней таблицы. (Вы не можете использовать дочерний селектор, потому что он не реализован в IE6)
Это должно работать:
$("#table1 > tbody > tr")
Однако я рекомендую вам жестко закодировать элемент TBODY, поскольку вам не следует полагаться на браузер, чтобы создать его для вас.