Определенно возможно использовать Selenium отдельно. Я рекомендую установить плагин Selenium IDE для Firefox. Это дает вам простой сценарий для автоматизации кликов и тому подобного. Интегрируя Selenium с Rails, вы можете выполнять интеграционные тесты из командной строки, что хорошо по ряду причин: другие разработчики в вашей команде могут запускать их проще, вы можете легче выполнять те же тесты для нескольких браузеров, и может запускать тесты с сервера непрерывной интеграции (который может запускать веб-браузер).
Мы используем огурец с капибарой для наших интеграционных тестов. Webrat не поддерживает JavaScript, поэтому, если вы щелкнете по ссылке, например, с обработчиком события click, обработчик не сработает. Капибара знает Javascript, поэтому запустит обработчик событий. Selenium позволил бы вам это сделать, но мы уже используем Cucumber, и я предпочитаю тесты Cucumber + Capybara вместо Selenium, потому что он более интегрирован и тесты легче поддерживать.