К сожалению, вы не можете сделать это напрямую, но вы можете получить доступ к базовому DirectoryEntry
и сделать это там:
PrincipalContext ctx = new PrincipalContext(ContextType.Domain, "YOURDOMAIN");
UserPrincipal toBeModified = UserPrincipal.FindByIdentity(".....");
UserPrincipal manager = UserPrincipal.FindByIdentity(ctx, "......");
DirectoryEntry de = toBeModified.GetUnderlyingObject() as DirectoryEntry;
if (de != null)
{
de.Properties["managedBy"].Value = manager.DistinguishedName;
toBeModified.Save();
}