Это все зависит ...
Если вы хотите, чтобы приложение Flash работало в браузере, взаимодействующем со специализированным сервером, написанным на C #, то, конечно, это возможно. Сказав это, во Flash нет никакого способа создать свои собственные пакеты, поэтому вам всегда придется иметь дело с HTTP-накладными расходами. В большинстве случаев, если вы не выполняете всю свою работу через localhost, я уверен, что скорость трафика не будет достаточной для чего-либо сложного.
Если вы хотите, чтобы приложение Flash работало в вашем приложении C #, тогда ответ будет отрицательным (AFAIK), если вы не готовы выложить кучу денег за что-то вроде Scaleform.
Если ваша цель - реализовать алгоритмы ИИ и вам не нужно беспокоиться о, скажем, низкоуровневом коде рендеринга, почему бы не взглянуть на что-то вроде pygame ? Если это не ваше намерение, тогда игнорируйте эту часть моего поста;)