Высота блоков не рассматривается для вертикального выравнивания (возможно, потому что высота применяется идентификатором, а display: inline-block применяется классом?). Чтобы решить эту проблему, просто добавьте вертикальное выравнивание: верх; в ваш класс .box.
Кстати, так как высоты все одинаковые, может быть проще просто поместить их в контейнер div для контроля ширины и использовать float: left;