Roo использует AspectJ за кулисами для управления всеми связями, которые не являются частью бизнес-логики. Внутри Eclipse эти файлы существуют, но они скрыты. Тот факт, что эти файлы являются отдельными (и что они создают отдельные файлы классов), не должен оказывать реального влияния на работу вашей программы.
Однако, если вы хотите избавиться от этих файлов, вы можете выполнить рефакторинг, чтобы удалить все артефакты roo. Просто отметьте, что это одностороннее преобразование. После того, как вы нажмете, roo больше не сможет управлять вашим проектом.