Я подозреваю, что либо ваш файл не на самом деле , закодированный как ISO-8859-1, либо System.out не знает, как напечатать символ.
Рекомендую, чтобы для проверки первого вы исследовали соответствующий байт в файле. Чтобы проверить второй, изучите соответствующий символ в строке, распечатав его с
System.out.println((int) s.getCharAt(index));
В обоих случаях результат должен быть 244 десятичным; 0xf4 hex.
См. мою статью об отладке Unicode для общего совета (представленный код написан на C #, но его легко конвертировать в Java, и принципы те же).
В общем, кстати, я бы обернул поток InputStreamReader
с правильной кодировкой - это проще, чем создавать новые строки "вручную". Я понимаю, что это может быть просто демонстрационный код.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вот действительно простой способ доказать, будет ли работать консоль:
System.out.println("Here's the character: \u00f4");