У меня были похожие проблемы с моим последним использованием расширения PECL ssh2.Кажется, это как-то связано с libssh2: у меня с этим раньше не было проблем, затем я обновил libssh2 и начал время от времени получать пустые ответы без видимой причины.Команда ssh2_exec все равно будет выполнять команду, но иногда я получаю вывод, иногда нет.
К сожалению, это расширение не поддерживается с 2008 года и все еще находится в бета-состоянии (0.11.0).Возможно, вы захотите взглянуть на некоторые сторонние библиотеки SSH2 (некоторые из них LGPL или GPL).Мне никогда не удавалось устранить эту проблему.
РЕДАКТИРОВАТЬ:
2 дня назад (3 ноября 2010 г.), сопровождающий выпустил патч, который, очевидно, работаетс последней версией libssh2, хотя я сам не проверял.Вы можете обновить до 0.11.2.