Это можно сделать, указав параметр -f при установке apache как службы в Windows.
Параметр -f принимает местоположение файла конфигурации. Например, если ваша команда для установки службы была
httpd.exe -k install -n "MyServiceName"
Добавьте -f "c:\files\my.conf", с вашим файлом конфигурации, вот так:
httpd.exe -k install -n "MyServiceName" -f "c:\files\my.conf"
См. Руководство по Apache для получения дополнительной информации.