Он не работает из-за различий в компиляции проектов веб-приложений и проектов веб-сайтов. Из того, что я прочитал в MSDN, это связано с тем, что в проектах веб-приложений все ваши файлы кода компилируются в одну сборку с использованием MSBuild перед развертыванием, но поставщики сборки используются для генерации кода, который компилируется во время выполнения (из ваша папка App_Code).
В проектах веб-сайтов весь ваш код компилируется во время выполнения, поэтому все это прекрасно сочетается.