не конфигурация проекта, а общая конфигурация VS2008, включая Tools | Options | VC Directories ...
это где-нибудь XML-файл?
Он физически хранится в реестре, распределен по ключам в HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ VisualStudio \ 9.0
Файл .vssettings, который вы получаете из Tools + Import / Export + Export, представляет собой XMLфайл.
В VS08 проверьте:
Инструменты> Параметры> Среда> Параметры импорта и экспорта.