У меня нет таких проблем;) По крайней мере, они у меня встречаются реже, чем лишняя, отсутствующая или неуместная скобка или классика:
if (foo)
bar();
baz();
на языке, который использует фигурные скобки.
Как говорится, определенные стили кодирования помогают. Например, я всегда перечисляю переменные класса в верхней части тела класса, поэтому, если я случайно укажу отступ, я получу IndentationError вместо создания неиспользуемой локальной переменной. Кстати, я всегда видел это так. Также помогает последовательный отступ (я использую PEP 8 и использую 4 пробела), некоторые люди используют только один пробел для некоторых блоков - это действительно легко пропустить.
Статический анализ кода (например, PyLint) может указывать на такие ошибки, но у меня нет большого опыта с ними. Как я уже писал, это работает в большинстве случаев.