Вы можете использовать информацию SCHEMA для генерации скрипта:
select 'drop table ' || table_name || ';'
from information_schema.tables;
Затем запустите этот скрипт.Вам может потребоваться запустить сценарий несколько раз, поскольку в SQLCE нет опции CASCADE (AFAIK).