Вы можете попробовать продублировать все настройки PerlSetVar как настройки PerlSetEnv, а затем просто извлечь их из %ENV в скриптах CGI. Да, это был бы уродливый хак, но уродливый хак, который работает лучше, чем вообще никакого решения (просто обязательно примите душ после того, как вы это сделаете).