Перебрать массив и создать массив с теми же ключами, но в другом порядке:
$array_data = array( "a" => array(1, 2, 3), "b" => array( 1, 2, 3 ) );
$results = array();
foreach ($array_data as $name => $values)
{
foreach ($values as $i => $value)
{
$results[$i][$name] = $value;
}
}
print_r($results);