Предварительно ли вы загружаете таблицы спрайтов, используя addImage из CCTextureCache? Если нет, вы заметите лаг при первом переключении на таблицу спрайтов.
Кроме того, если ваши спрайт-листы не настолько велики, что вы не можете разместить все анимации в текстуре 1024x1024, вы должны просто поместить все спрайты в один лист, вместо использования нескольких, как, например, четыре спрайт-листа 256x256. Вы вряд ли выиграете от этого, в худшем случае вы потеряете преимущество спрайт-листов, потому что, как только вы рендеритесь из двух разных спрайтов, это будет два колл-дро вместо одного. Атласы текстур предназначены не для организации вашей анимации, а для сохранения как можно большего количества всей вашей графики в минимально возможном количестве текстур.