Вы уверены, что персонаж выпал? символ 10 - это просто перевод строки - он точно не будет отображаться в вашем окне отладчика. Это также может рассматриваться как пробел. Вы пробовали играть с настройками пробелов в xmldocument?
Если вам нужно сохранить кодировку, у вас есть только два варианта: раздел CDATA или чтение в виде обычного текста, а не в формате XML. Я подозреваю, что у вас абсолютно нулевой контроль над документами, поступающими в систему, поэтому исключается опция CDATA.
Простой текст, а не Xml, вероятно, также неприятен, но это все, что у вас осталось. Если вам нужно выполнить проверку или другую обработку, вы можете сначала загрузить и проверить xml, а затем объединить ваши файлы с помощью простых файловых потоков в качестве отдельного шага. Опять же: не идеально, но это все, что осталось.