Вы можете использовать copy.deepcopy для b:
>>> a = {'a':[1,2,3]}
>>> b = {'b':[4,5,6]}
>>> a['c'] = copy.deepcopy(b)
>>> a
{'a': [1, 2, 3], 'c': {'b': [4, 5, 6]}}
>>> b
{'b': [4, 5, 6]}
>>> b['b'].append(7)
>>> b
{'b': [4, 5, 6, 7]}
>>> a
{'a': [1, 2, 3], 'c': {'b': [4, 5, 6]}}
Использование обновления или копирования, как описано выше, приведет к поверхностному копированию.