Узлы могут быть добавлены и удалены из графика, и узлы не должны быть связаны. Поэтому не имеет значения, создают ли изменения в вашем графике несвязанные узлы или подграфы. Возможно, вы захотите отслеживать их в индексе как для прямого поиска, так и для того, чтобы не потерять отключенные узлы, поскольку они не могут быть достигнуты путем обхода.
Для удаления узла сначала необходимо удалить все связи с узлом.
На данный момент Neoclipse немного устарел, совместим с более ранними версиями Neo4j 1.1.x. Некоторые вопросы лицензирования были проработаны, и это должно привлечь к себе внимание в ближайшее время.