Самая распространенная причина, по которой я знаю это, состоит в том, что SQLite поставляется только в версии x86, и люди запускают его на 64-битных компьютерах, и ему это не нравится.
Вы можете решить эту проблему (если это так), изменив настройки сборки с «Любой процессор» на «x86». Это объясняет, почему оно работает в одном приложении, а не в другом - если одно работало в x86 нормально, а другое - в x64 и вызывало эту ошибку.