Вы можете проверить наличие компонента в URL в вашем index.php:
<?php
$option = JRequest::getCmd('option');
if (!$option == "com_yourcomponent") {
?>
<jdoc:include type="modules" name="mainmenu" style="xhtml" />
<?php
}
?>
Вы также можете проверить другие параметры, такие как
$view = JRequest::getCmd('view');
$task = JRequest::getCmd('task');