Да, существует ряд «встраиваемых» баз данных, которые не требуют отдельного серверного процесса.Это решает часть проблемы.
Другая часть проблемы заключается в том, что весь ваш сторонний код (движок JPA, база данных и, возможно, больше) находится в других банках.Если вы действительно хотите всего лишь одну банку, вам придется объединить все эти банки в одну.Есть некоторые программы, которые достигают этого, я, кажется, помню название «bigjar», но Google не выявляет никаких хороших подсказок для этого.Однако вы можете легко сделать эквивалент самостоятельно, просто набрав ant
.В этой ветке форума Sun есть большое обсуждение (с примером кода) .